Die vorbereitete Flüssigkeit kann jetzt der Destillation unterzogen werden. Dazu wird sie in den Kolben gegeben - Siedesteine, falls erforderlich, nicht vergessen! - und die Anlage zusammengebaut.
Ist alles fest verschlossen und standsicher wird die Hitzequelle eingeschaltet.
Je nach destillierter Flüssigkeit ist nun Vorsicht geboten. Bie der Destillation eines Alkoholgemisches, egal ob eine Tinktur oder Maische, sind die ersten Tropfen die übergehen Methanol. Diese Flüssigkeit ist giftig, riecht stark brenzlich und wird in der Regel weggegossen. Nach diesem sogenannten Vorlauf beginnt der trinkbare Alkohol, Äthanol, überzugehen. Nach Übergang dieser Fraktion kommt schließlich der Nachlauf, in diesem Fall vor allem schwere Alkohole (Propanol, Butanol, etc.), die wie auch schon der Vorlauf nicht ohne Giftigkeit sind. Die meisten Aromastoffe gehen mit der Hauptfraktion in das Destillat über. Besonders leicht flüchtige Stoffe, wie etwa ätherische Öle befinden sich natürlich auch bereits zum Teil im Vorlauf. Es empfiehlt sich also bei der Trennung der einzelnen Fraktionen sehr vorsichtig und genau vorzugehen.
Ein wichtiges Beispiel für die mögliche Giftigkeit der entstehenden Stoffe ist das Thujon. Dieser Wirkstoffe ist etwa vertreten in Salbei, Wermut oder Lebensbaum und stark toxisch. Bei der Destillation solcher Substanzen ist die erste übergehende Flüssigkeit des Thujons. Bereits ein Tropfen genügt für eine Vergiftung zu der krampfartige Zustände, Sehstörungen, sogar innere Blutungen gehören können. Ein entsprechendes Nachschlagewerk zu Giftstoffen sollte in jedem Labor zu finden sein!

Der Destillationsvorgang ist abgeschlossen, die Bereitung des Produkts jedoch noch keineswegs. Egal welche Substanzen bereitet wurden folgt nun eine Periode der Reifezeit. Bei der Schnapsherstellung gilt eine Reifeperiode in einem nur zur Hälfte gefüllten Ballon bei Zimmertemperatur als meist ideal. Die Zeit und die Oxidation führen zum "Verbeißen" der Aromastoffe mit dem Träger, also dem Alkohol. Hat man Vor und Nachlauf abgetrennt ist dieser Alkohol sehr konzentriert, er muß noch auf Trinkstärke verdünnt werden. Meist geschieht dies schon vor der Reife. Gutes Quellwasser sorgt dabei für einen wesentlich runderen und ausgewogeneren Geschmack als destilliertes Wasser. Beim Verdünnen muß immer das Wasser in den Alkohol geschüttet werden, nicht umgekehrt. Der Mineraliengehalt des Wassers führt sonst zum Ausflocken. Dabei fallen Substanzen wie Kalzium und Magnesium aus und machen das Destillat nicht nur trübe, sondern binden auch noch die Aromastoffe und machen das Produkt wertlos. Aus denselben Gründen muß das Wasser unter leichtem Rühren ganz langsam zugegeben werden. Ohne entsprechende Vorsicht zerstört man sonst die ganze Arbeit. Ein einmal ausgeflocktes Destillat gilt als nahzu unwiederbringbar. Die Mineralien binden die Geruchs- und Aromastoffe so stark an sich, dass selbst eine erneute Destillation sie nur noch unwesentlich wieder befreien und in das Destillat hinüberretten kann.

Bei alchimistischen Präparaten wird das Destillat häufig noch einer langfristigen Zirkulation unterzogen, u.U. mit dazwischenliegenden Reifeperioden. Auch ist es vorstellbar, dass das Destillat erst die Vorstufe eines Präparats darstellt und z.B.erneut zum Ansetzen von Tinkturen verwendet wird. Ein Schritt, der das Destillat in vielen Fällen noch um einiges erhöht, wäre auch die Zugabe des Salzes. Dazu werden die Faeces, also der Kolbenrückstand, verascht. Dieser Vorgang findet bei einer Temperatur, die 920 °C nicht überschreiten sollte, statt, da sonst die Salze schmelzen können und damit unbrauchbar werden. Zwar findet man in einigen alchimistischen Büchern Anleitungen zur Rettung dieser geschmolzenen Salze. Die Mindestdauer dieses Vorgangs scheint bei 3-5 Jahren zu liegen, ist keineswegs immer von Erfolg gekrönt und beschert einem zudem auch noch eine äußerst geringe Ausbeute. Es wirkt einfacher, mit Vorsicht an die Sache heranzugehen...
Die geschmolzenen Salze lassen sich übrigens durch einen bläulichen metallischen Schimmer im Veraschungsgefäß erkennen.
Bei der richtigen Temperatur beginnt die Substanz aus dem Kolben sehr schnell zu rauchen. Die Rauchentwicklung und auch der beißende Geruch sind dabei so stark, dass man diesen Vorgang am besten im Freien durchführt. Die im Handel befindlichen, nicht besonders billigen Veraschungsöfen sind die einzige Alternative dazu.
Nach einiger Zeit beginnt die Substanz sich zunehmend schwarz zu färben, schließlich wird sie weiß oder doch zumindest hellgrau-bräunlich. Den Alchimisten gelten die Salze am wertvollsten, je weißer sie sind. Ist das nun erlangte Pulver noch zu unsauber, so kann es ausgewaschen werden. Man übergiesst die Salze mit Wasser, das man bei sanfter Wärme wieder abdampfen lässt. Wiederholt man diesen Vorgang oft genug - 200 bis 300 Mal sind keineswegs selten - so wird es immer weißer und erreicht zunehmend Reinheit.
In dem weißen Pulver befinden sich nun lösliche Teile - das Sal Salis - sowie unlösliche - das Caput mortuum. In einigen Rezepturen wird das Salz zur Gänze, manchmal nur wenig, meist nur der lösliche Teil dem Destillat zugegeben.
Will man nur den löslichen Teil zugeben, so wird das Salz in ausreichend Flüssigkeit gelöst und anschließend filtriert. Unter Umständen wird dieser Vorgang wiederholt. Ein zu häufiges Filtrieren ist nicht ratsam, da sonst ein Großteil der löslichen Salze ebenfalls im Filter sitzen und nicht mehr in der Flüssigkeit. Die so gewonnene Lösung wird schließlich sehr langsam und vorsichtig dem Destillat zugegeben. Auch hier besteht die Gefahr der Ausflockung!

Mit den beschriebenen Maßnahmen lassen sich hochwertige Arzneien ebenso herstellen, wie äußerst wohlschmeckende Genußmittel. Achtet man zudem auf den Stand der Sterne, die Harmonie und Güte der verwendeten Einzelbestandteile und ist mit sich selbst im Reinen, so sind der Forschung keinerlei Grenzen mehr gesetzt.
Die beschriebenen Operationen machen jedoch keineswegs die gesamte alchimistische Arzneimittelherstellung aus. Beim Studium alter Schriften stellt man fest, dass die Möglichkeiten nahezu unzählbar sind. Die Herstellung einer spagyrischen Pflanzenessenz ist dabei wohl noch der einfachste Teil.