Ein Kunstgriff zur Herstellung hochwertiger Spagyrika ist die Gärung. Als alchimistischer Prozess wird die Gärung meist als Putrefactio bezeichnet, auch wenn unter diesen Begriff noch weitere Maßnahmen und Vorgehensweisen zu zählen sind.
Wir werden hier nur die alkoholische Gärung behandeln. Allerdings sind auch andere Herangehensweisen denkbar, wie etwa die milchsaure Vergärung oder sogar Fäulnis.
Die alkoholische Gärung wird meist gewollt in Gang gebracht, indem Hefe in ein Pflanzen-Wasser-Gemisch gegeben werden. Heutzutage sind eine Vilzahl sogenannter Reinzuchthefen im Handel, wie sie bei der Herstellung von Weinen verwendet werden. Die Verwendung von Bierhefe ist ebenso möglich. Eines der einzigen noch im Handel befindlichen vergorenen Präparate, die ohne Zusatz von Gärhefe hergestellt werden ist der Apfel-Cidre. Natürliche Bakterienkolonien, die auf Äpfeln zu Hause sind erlauben dieses Vorgehen. Die Alten kannten auch andere Formen der Vergärung ohne künstliche Hefezugabe. Allerdings liest man häufig, dass dazu etwa 50 Pfund Pflanzenmaterial erforderlich sind.

Um Erfahrung mit diesem komplizierten Vorgang zu gewinnen ist es ratsam, zunächst die Herstellung von Fruchtweinen zu versuchen. Früchte bilden meist durch ihre natürliche Zusammensetzung aus Nährstoffen, Mineralstoffen, Vitaminen und Zucker eine gute Basis zum Wachsen und Gedeihen von Hefebakterien. Dadurch ist es kaum erforderlich diese Substanzen separat zuzugeben.
Die Früchte werden reif und frisch verarbeitet. Wie auch bei Kräutern ist möglichst vom Waschen abzusehen. Je nach Material werden Steine und Kerne entfernt. Kirschen und Zwetschgen beispielsweise werden entsteint, Hagebutten von ihren Kernen befreit, Himbeeren oder Brombeeren können ohne derartige Maßnahmen verarbeitet werden. In selteneren Fällen, etwa bei bestimmten Rebsorten, bilden die Steine oder Kerne auch einen Bestandteil des Maischeansatzes.
Sofern noch nicht bei der Reinigung geschehen, wird das Fruchtfleisch nun zerkleinert und in den Gärbehälter gegeben. Je nach Menge eignet sich ein Gärballon oder ein Fass (heutzutage in der Regel aus Kunststoff gefertigt). Meist reicht die vorhandene Fruchtflüssigkeit nicht aus, es muss noch Wasser zugegeben werden. Frisches Quell- oder Brunnenwasser ist zu diesem Zweck am besten geeignet. Als Nahrung für die Hefebakterien ist es nun noch notwendig Zucker zuzugeben. Hefebakterien setzen diesen Zucker schließlich in Alkohol um. Allerdings ist es ein Irrglaube, dass hier viel auch viel hilft.
Die entstandene Flüssigkeit muss einen starken Fruchtgeschmack haben und für die Zunge relativ süß sein. Auch ein saurer Charakter muß schmeckbar sein. Als Zugabe, um den Säuregehalt zu regulieren eignet sich Ascorbinsäure (Vitamin C) sehr gut.
Der Mineralgehalt ist in den meisten Früchten ausreichend für den korrekten Ablauf der Gärung. Im Handel befinden sich spezielle Mineraltabletten, deren Zusammensetzung auf den Bedarf der Bakterien zugeschnitten sind.
Zuletzt wird die Hefe zugegeben und das ganze unter sanftem Rühren vermengt. Der Gärbehälter wird mit einem Gärröhrchen verschlossen. Alternativ ist auch Watte geeignet. Diese Verschlussform ist notwendig, da sich während des Gärprozesses Kohlendioxid bildet, das aus dem Behälter entweichen können muss. Der Gärballon darf nie vollkommen verschlossen sein, sonst besteht die Gefahr, dass er platzt!
Der Ansatz benötigt nun noch eine Temperatur von etwa 20-22 °C um optimal gären zu können. Ein ruhiger Ort und eine gleichmässige Temperatur sorgen für einen sauberen Gärprozess.
Die Dauer der Gärung ist nicht immer gleich, sie liegt etwa zwischen 4 Tagen und 2 Wochen. Kurze Zeit nach dem Ansatz beginnt die Maische zu gären, Kohlensäureblasen steigen auf und die gesamte Flüssigkeit beginnt lebendig zu werden. Ein abgeschlossener Gärprozess lässt sich daran erkennen, dass sich die Dynamik verringert. Nun ist eine schnelle Reaktion erforderlich. Die Maische muss möglichst sofort filtriert, u.U. geläutert und schließlich abgefüllt werden.
Jede Gärung ist ein heikler Prozess, kann zu vielen Zeitpunkten gestört werden und abreißen. In den wenigsten Fällen kann man das Produkt dann noch verwenden. Auch gibt es einige Weinkrankheiten oder Fehlbesiedelungen, die die Gärung stoppen können. Nur ein sorgsames Vorgehen während des gesamten Vorgangs und auch schon in der Vorbereitung helfen dies zu verhindern.
Ist die Gärung perfekt abgeschlossen, so hat man einen Fruchtwein vor sich, der maximal ca. 16%vol. Alkohol enthält. Ein höherer Gehalt ist durch herkömmliche Vergärung nicht erreichbar!
Wird dieser Wein destilliert, so erhält man ein Wasser, bzw. einen Branntwein.